一文帮你搞定R安装clusterProfiler包过程中出现的问题

使用R安装包时一般使用install.packages()函数安装程序包

install.packages;‘clusterProfiler’;时出现下述代码错误提示

Warning in install.packages :
package ‘clusterProfiler’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at R Installation and Administration

解决方法;打开http://bioconductor官网;找到图中红色圈住的部分就是解决代码;直接复制到RStudio即可安装成功。

if (!require(;BiocManager;, quietly = TRUE))

install.packages(;BiocManager;)

BiocManager::install(;clusterProfiler;)

​

注意;;;

这里要特别提醒一下小伙伴们;有的文章中会在安装包后加个对应版本;如;version = “3.8”;;在这里建议大家把version删去;因为大家可能像我一下根本不知道到底是哪个版本;删掉后也可以下载;那就果断删掉吧;

你以为这就解决问题了嘛;其实并没有;继续出现报错;;;

错误: package or namespace load failed for ;AnnotationDbi; in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):不存在叫;GenomeInfoDbData;这个名字的程辑包
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package ;DO.db;
* removing ;G:/R/R-4.2.1/library/DO.db;
* installing *source* package ;GO.db; ...
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
错误: package or namespace load failed for ;AnnotationDbi; in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):不存在叫;GenomeInfoDbData;这个名字的程辑包
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package ;GO.db;
* removing ;G:/R/R-4.2.1/library/GO.db;

下载的程序包在   ‘C:UsershxxAppDataLocalTempRtmp6LaYrYdownloaded_packages’里
Old packages: ;brew;, ;classInt;, ;cli;, ;cluster;, ;crayon;, ;foreign;, ;ggtree;, ;igraph;, ;jsonlite;, ;labelled;, ;MASS;, ;Matrix;, ;mnormt;, ;nlme;, ;nnet;, ;psych;, ;ragg;, ;readr;, ;rlang;, ;tidytree;, ;tinytex;, ;vctrs;, ;vroom;
Update all/some/none? [a/s/n]: 

错误提示中包含两点

1、Update all/some/none? [a/s/n]: 

下载的程序包在最后提示是否更新;Update all/some/none? [a/s/n]:

;1;一般是能不更新就不更新;除非一直报错;优先输入n;出现问题再输入a;不要选s。

;2;安装命令加参数;update=F,ask=F;特别是批量安装R包时;因为更新也更新不出来什么东西。只要安装时不出现一大堆R包有问题;R语言版本就不管;比如用的是3.9;现在是4.2;一年或是两年后出现5再考虑。”学R语言要高冷;能no就no;no不行要yes。

2、出现上述错误之后尝试运行“clusterProfiler”包;发现找到缺少“GenomeInfoDbData”这个程辑包;使用下面代码继续安装“GenomeInfoDbData”这个程辑包

if (!require(;BiocManager;, quietly = TRUE))
 install.packages(;BiocManager;)
BiocManager::install(;GenomeInfoDbData;)

;;;加载clusterProfiler包时出现错误缺少‘DO.db’这个程辑包

library(GenomeInfoDbData)或library(clusterProfiler)包时可能还会提示缺少不存在叫‘DO.db’这个名字的程辑包

library(clusterProfiler)
Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):不存在叫‘DO.db’这个名字的程辑包

那使用下述代码;继续安装;DO.db;这个程辑包

if (!requireNamespace(;BiocManager;, quietly = TRUE))
   install.packages(;BiocManager;)
 BiocManager::install(;DO.db;)

;;;加载clusterProfiler包提示错误;不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包

那就使用下述代码继续安装‘GO.db’这个程辑包

 library(clusterProfiler)
Error: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):不存在叫‘GO.db’这个名字的程辑包

if (!requireNamespace(;BiocManager;, quietly = TRUE))
  install.packages(;BiocManager;)
BiocManager::install(;GO.db;)

Tips;如果你们在library(clusterProfiler)包之后还是出现不存在某个名字的程辑包;那就继续按照上述方法增加安装包。

小伙伴们;安装clusterProfiler包时依赖的包很多;不仅安装过程复杂、耗时长;而且经常出现各种各样的错误。希望大家根据我分享的内容能够安装的更顺利一些啦;

好啦;clusterProfiler包终于安装完成啦;今天的内容就讲这么些啦;如果能帮到你那就给个关注吧;